微生物学

扫描电子显微镜比光学显微镜具有更大的景深（depth of focus）。因此可以分析从细菌到病毒多尺度的生物结构、形态、构成成分等特点。

从酱油中分离出的乳酸菌

生物材料的SEM观察时需要进行适当的前处理。例如在酱油中提取乳酸细菌，酱油蒸发过程中，因为盐的结晶，很难有效地观察奶酸细菌。因此，在样品提取后，需要在培养机中培养一定时间后进行观察才能得到乳酸菌的微观形貌。

食品环境科学

扫描电子显微镜可以为食品结构提供有效的数据。研究者们可以通过扫描电镜对食品的表面以及截面结构进行观察。

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